主人公何然，原本过着与世无争的日子，却因为某种巧合而被卷入一场人魔之战中(见轩辕剑一代情节)，也因此得知自己是轩辕剑侠的后代，开始追查当初人魔大战的经过，同时探究这名恶神的真实身份。何然在旅途中遇见了年纪与自己差不多，且满怀正义之心的年轻黑衣侠——杨坤硕，接着又认识从小在凤凰塔长大，且被妖咒附身的美丽小姑娘-江如红，三人在机缘之下巧遇，又难得年纪相当，于是便结伴同行，共闯江湖。《轩辕剑》故事于焉展开……

游戏的画面水准，比起同时代的SFC游戏，可以说完全不逊色。个人认为，台湾的2D美工技术，一直都是接近甚至领先于日本的。轩辕剑2不仅美工精美，而且还透露着浓浓的中华传统元素。比如战斗背景，就是清新淡雅的水墨画风格;各种妖怪，也都源自于《山海经》之中。游戏菜单的背景，第一眼的感觉就是古色古香，比日本游戏简单朴素的菜单漂亮多了。

1。躲避魔王法

当自动auto来了东西南北塔守关魔王前时，自动auto和魔王对话，趁初现人物图片，字还没出来时，按住F10键，便可不与魔王交战，但也没有经验值。

2。神兵利器

该游戏进行到快完结时，难度已经很大。如能找到广寒宫中隐藏的两件神兵利器，打起来就容易多了。这两件兵器分别为瑞项剑和盘古之斧，藏于广寒宫出口的左方树旁，和右下面井旁，装备后最高打击值在500点以上。金钱上充裕的话可向当地客商购买千火宝珠作防身用，其打击值可达250点，且可无限次应用。

3。五招奇功

在雷泽塔的东面有2棵树，可从两棵树中间往海上行，通过海上一条看不见的路到一個岛上，可在这个岛上碰到DOMO小组，学得四招奇功，分别是跛象跛虎功、疯狗咬猫拳、狂龙跌象拳和惊虎吞狗掌。第五招炒饭十八手，可在平阳城中客栈购买轩辕菜刀时拥有。

4。修练法

按住F10键再按上下左右中任一個键可立刻碰到妖怪，与之战斗可拥有金钱和经验点数。在客栈内应用此法，可随时补充能源，也能够节省出城、入城的时间。

5。战斗的技巧

利用五行相生相克的技巧，可使战斗打起来轻松一些。例如，在火焰山一役中，多用水系仙术可事半功倍。而对付树精、水怪等应用三昧真火，也会使战斗打得顺手一些。另外，应用“金蚕脱壳术”脱离战斗，可不消耗仙术和体力。

本作的游戏进入画面是与其他任何一代都不同的。屏幕上显示“启承转结”，代替“开始游戏”、“载入游戏”、“游戏设置”、“结束游戏”。这四字来自中国格律诗的一种格式，即“起承转合”。