玩家操作一位神奇宝贝训练家游历丰缘地方、战胜八位道馆训练家并挑战四天王及冠军。主角借助神奇宝贝球收服神奇宝贝，并用收服的神奇宝贝与他人对战。除保留了红蓝宝石版中新引入的神奇宝贝外，绿宝石版还包含了《口袋妖怪 金·银》中的部分神奇宝贝。绿宝石版引入了烈空坐的剧情，并加入了通关后的对战开拓区。
初始神奇宝贝
火稚鸡 (アチャモ)
当受到敌人袭击时会从口中吐出肚子里形成的火球来攻击。最害怕伸手不见五指的黑夜。
木守宫(キモリ)
在森林里的大树中筑巢而居。会激烈地威吓侵入地盘的敌人。被称作保护森林之树的神奇宝贝。
水跃鱼(ミズゴロウ)
在陆地上，会用4只脚用力蹬地，发挥出举起巨大岩石的力量。会把身体埋在水边的泥土里睡觉。
口袋妖怪绿宝石金手指大全——地点：
直接升到一百级 02023e94:270f (无限增加经验值直至删掉金手指)
首位PM (升级后会被打回原形……)
等级 020241E4:xx
HP 020241E6:03E7
HP上限 020241E8:03E7
能力最高
020241EA:03E7
020241EC:03E703E7
020241F0:03E703E7
战斗经验
02000076:03E7
第一只PM物攻999
020000A4:03E7
地点转移金手指 (这些金手指是我试验过的，其他网站类似的金手指不一定准确)一次用一条，到了后立刻删除
02031F84:yy 02031F85:0A1A 南岛水都捕捉地点
xxyy
0001 你家的那个小镇
0002 101路上方的小镇
0003 格斗系道观小镇
0004 火系道观小镇
0005 火山灰道观小镇
0006 117路左边小镇
0007 幻岛小镇
0008 普通系道观小镇
0009 海滩上方小镇
000A 电系道观小镇
000B 石系道观小镇
000C 飞行系道观小镇
000D 驻守区旁小镇
000E 超能力道观小镇
000F 水系道观小镇
0010 第一个四大天王
0011 乘船老爷爷家
0012 四口之家
0013 坐缆车的地方
0014 火山灰镇得TM28的地方
3810 潜水洞
3811 冠军之路(斗士载入)
3812 看看洞
3813 潮汐山洞(落)
3814 潮汐山洞(涨)
3815 无人发电厂
3816 搁浅船
3819 战斗都市右上角的屋子里
381A 梦幻岛 进入森林，把模拟器跳侦设置改成150%。梦幻会在草丛里逃来逃去。记住你别太快走。如果你前方好象有个硬的东西挡住你你马上按a。因为挡住你的是梦幻。(不是岩石。)。然后梦幻就会和你战斗了。
4210 以前捕捉古拉顿和海皇牙的洞
4211 废弃船
4217 废弃船拿钥匙的屋子
4219 新大陆战斗塔
421A 凤凰、路基亚捕捉地点
0A1A 南岛水都捕捉地点
0017 狩猎区(可自用宠物，精灵球，不限步数)
5518 天空龙捕捉地点(通关后)
6718 海皇牙捕捉地点(通关后)
6918 古拉顿捕捉地点(通关后)
3A1A 迪奥西斯捕捉地点
注：身上首位PM等级VBA金手使用后，要删除金手，再要吃了1个奇异甜食(怪兽升1级)后，才能开始练级，否则可能毁档，切记!!!
