游戏的主角是一个刚刚搬家到未白镇的孩子。在游戏之初，主角可以自小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡和水跃鱼中的一只作为自己的初学者神奇宝贝。主角的朋友兼劲敌也是一位神奇宝贝训练家，不时会挑战主角。游戏的两个主要目标是战胜道馆训练家最终成为联盟冠军和通过收服进化交换神奇宝贝来完成神奇宝贝图鉴。

在旅途中他们遭遇了火岩队和水舰队，前者想要借助固拉多扩张陆地，后者企图操纵盖欧卡扩张海洋。在两者召唤出各自的超古代神奇宝贝后，固拉多和盖欧卡并未服从命令，开始大战，将世界置于水火之中。主角唤醒了传说中的神奇宝贝烈空坐，后者平息了固拉多和盖欧卡的愤怒。主角在进入殿堂后可以邂逅全丰缘地方四处游走的拉帝亚斯和拉帝欧斯，并访问大挑战地区。

玩家作为一位PM训练家到各地旅行，完成各种交付的任务，并沿途与PM训练家挑战，不断提升自己的战斗能力，最终打败8大会馆的首领和四大天王，取得最后的胜利。当然，游戏最大的乐趣并不只是在战斗，而是收集、捕捉各种各样可爱的精灵，完成口袋妖怪图鉴。由于许多精灵在游戏中只有1只，而且一旦捕捉失败就没有第二次的机会，可以说非常珍贵，加上每部作品的最后一只精灵更是要通过特殊的方法才能得到，因此，精灵的捕捉更是成为本游戏一大乐趣。

神奇宝贝好莱坞(ポケウッド)

神奇宝贝好莱坞允许玩家拍摄属于自己的电影。要拍摄电影，主角可以进入一个绿色屏幕的房间，会有一个人与主角进行神奇宝贝对战。对战中有一些台词可供选择。主角需要选择能使电影剧情变得更好的台词。在电影拍摄好后，主角还可以观看。

口袋妖怪世界锦标赛(ポケモンワールドトーナメント)

口袋妖怪世界锦标赛允许玩家同包含黑白2在内的所有先前发售过的口袋妖怪主系列游戏中登场的道馆训练家和冠军们对战。

冠军锦标赛(チャンピオンズ トーナメント)

冠军锦标赛是口袋妖怪世界锦标赛竞赛的一种。在锦标赛中，主角能跟所有地方的冠军(不包括艾莉丝)进行对战，需要战胜世界首领赛十次才能参赛。是锦标赛中最难的一种。

节日任务(フェスミッション)

节日任务是黑白2中的特色系统，位于潜入连接。节日任务可在合众地方的任何区域激活，允许下至单人上至100人共同完成。在任务中，玩家通过口袋妖怪对战，收集道具，回答猜谜等等完成挑战。

修正雷公,3D龙,闪电鸟遭遇地点为新紫堇内部

修正三合一磁怪,顽皮弹遭遇地点为新紫堇入口小石洞

更正捕捉表中的多处错误

增加紫堇士查看宝可梦个体值NPC